אוניברסיטת בן גוריון בשיתוף הארגון העולמי של יהודי צפון אפריקה מעניקה מידי שנה את "פרס שאול בן שמחון" (יקיר וממייסדי העיר אשדוד) בסך כ 50,000 ש"ח בטקס בינלאומי בנוכחות צמרת האקדמיה בישראל ואנשי חברה.
פרס שאול בן שמחון , יקיר העיר אשדוד וממיסדיה, מחולק מידי שנה באופן קבוע על פי נושא וקריטריונים שקובעת ועדה משותפת לאוניברסיטה ולארגון העולמי של יהדות צפון אפריקה כאות כבוד לפעילותו החברתית הענפה למען מדינת ישראל של שאול בן שמחון הוחלט להעניק מידי שנה פרס יוקרתי על שמו בטקס בינלאומי שיתקיים באוניברסיטת בן גוריון במעמד הנשיאה ובכירי האקדמיה בישראל.
הארגון העולמי של יהודי צפון אפריקה פועל מעל לארבעים שנה להידוק הקשר בין יהודי צפון אפריקה בעולם, לטיפוח מורשת יהדות צפון אפריקה ולעידוד היצירה של יהדות זו בכל התחומים. באוניברסיטת בן גוריון בנגב פועלים חברי סגל המתמחים בהיסטוריה של אותן ארצות, ובחקר היהודים שחיו בהן.
הארגון פנה לאוניברסיטה בהצעה להקים יחד את הקרן, והאוניברסיטה קיבלה את ההצעה, תוך הוקרת נדיבות הארגון. בהקמתה ובפעילותה המתוכננת מסמנת הקרן שיתוף במטרות ובתחומי עניין של שני הגופים. שיתוף הפעולה בין הארגון לאוניברסיטה מעניק לקרן ולמטרותיה עומק ציבורי, תיאורטי ומחקרי והפך אותה למוקד משיכה לחוקרים מהארץ והעולם
הקרן מעודדת מחקרים של יהודי צפון-אפריקה כחלק מן המרחב ההיסטורי-תרבותי שבו חיו בעבר, כולל חקר שפה, ספרות, אמונות, מנהגים והלכי-רוח; ותתמוך בחקר יהודי צפון-אפריקה כחלק מהמרחב הישראלי שאליו היגרו, ובחקר הגירתם למקומות שאינם ישראל (במיוחד לצרפת וקנדה), כחלק מגל הגירה שכלל גם מוסלמים בני אותן הארצות.
הקרן מעודדת את חקר הקהילה היהודית שנותרה בצפון אפריקה, את שרידי הקהילות שעזבו, ואת היחסים בין המוסלמים ליהודים באותן ארצות. כמו כן, היא מחזקת קשרים קיימים עם חוקרי יהדות צפון אפריקה ברחבי העולם בכלל, ובמגרב בפרט.
בפעולתה, מאפשרת הקרן ליצור ולהפיץ ידע אקדמי משמעותי ונגיש אודות יהדות צפון אפריקה, אודות עושרה התרבותי, ההיסטוריה שלה והתפקיד המיוחד שמילאה בארצות מוצאה ובארץ ישראל.
הקרן פועלת לגיוס משאבים נוספים לחקר יהדות צפון אפריקה.